À l’observatoire de volcan, Pierce et Vosberg ont perdu une équipe. À l’aide de Firewalker, leur robot, ils ont des images et découvrent le corps d’Érikson sur le sol du cratère. Une ombre apparaît et détruit leur caméra.
Pierce se trouve au FBI avec Mulder et Scully. Il projette un vidéo datant d’avant leur descente. Un homme nommé Daniel Trepkos, concepteur de Firewalker, est interrogé et révèle le but de leur mission. Sur un autre vidéo (celui du début), Mulder remarque tout de suite l’ombre. Pierce n’était pas là, parce qu’il a abandonné, il ne s’entendait pas avec Trepkos.
L’hélicoptère atterrit au camp de base du Mont Avalon. Pierce regarde les dégâts tandis que Mulder et Scully entrent dans le camp, tout a été détruit. Jason Ludwig est vivant et les observe. Il se jette sur Mulder qui réussit à s’en sortir indemne. Ludwig confie qu’il a voulu se protéger de Trepkos, pour lui, c’est le seul coupable. Il présente aux agents le reste de l’équipage : Peter Tanaka et Jesse O’neil.
Pierce marche dans les bois, quand tout d’un coup, il est assassiné par Trepkos. Plus tard, l’équipe découvre son corps. Mulder étudie les notes de Trepkos faisant part d’un organisme vivant dans le cratère.
Scully vient voir Jesse. Elle avoue que Daniel a changé après la dernière descente. Il s’est enfermé dans le laboratoire et personne n’avait le droit d’entrer. Par la suite, elle a découvert qu’il ne prenait pas ses médicaments. Elle ne veut pas mourir à cet endroit. Elle a peur de lui.
La terre se met à trembler. Mulder se joint à l’équipe, il remarque que Tanaka est fiévreux et qu’il a une toux. Mulder lui suggère d’aller voir Scully, mais il refuse. Il devient violent. Mulder court chercher Scully qui appelle les secours. En l’amenant à l’extérieur, Tanaka s’enfuit. Mulder et Ludwig le rattrapent au fond d’un ravin. Ce qui ressemble à un champignon sort de sa gorge. Mulder se porte volontaire pour chercher Trepkos, Scully veut l’accompagner, mais Mulder lui suggère plutôt d’autopsier Tanaka.
Mulder a besoin d’aide. Ludwig comprend qu’il part à la recherche de Trepkos, il veut être son guide. Dans le cratère, une fusée éclairante atteint Ludwig. Mulder se surveille. Trepkos sort de sa cachette. Pour finir, il met le feu au corps de Ludwig prétendant que ce n’est pas lui qu’il tue.
Scully fait ses expériences quand elle va voir Jesse. Elle découvre qu’elle est fiévreuse. Plus tard, toutes les lumières s’éteignent. Scully cherche Jesse et la trouve dans le sous-sol. Elle ne va pas bien. Scully l’enferme dans une pièce fermée. Les spores sortent de sa gorge.
Pendant ce temps, Mulder interroge Trepkos. Il veut savoir ce qu’il a trouvé après la première descente : Trepkos a découvert une sorte de vie dans une roche. Les spores se développent dans chaque organisme, il en a besoin pour survivre. Érikson a été l’hôte d’origine. Trepkos était dans le cratère à ce moment, c’est la raison pour laquelle il n’est pas contaminé. Mais le reste de l’équipe l’est parce qu’ils ont été en contact avec Érikson. Mulder veut aller rejoindre Scully malgré le fait que Trepkos affirme qu’elle est contaminée. Mulder s’avance, mais Trepkos lève son arme vers Mulder.
Mulder arrive et crie le nom de sa collègue. Il lui caresse la joue quand il l’aperçoit. Daniel arrive dans le laboratoire et trouve Jesse. Mulder appelle les secours. Des militaires décontaminent le laboratoire et on apprend que Trepkos et Jesse sont introuvables.
