7x01 : La 6e extinction (1/2) - The Sixth Extinction
La vie de Mulder tient qu'à un fil dans un hôpital psychiatrique. Pendant ce temps, dans un continent lointain, Scully essaie de découvrir la cause de la maladie à Mulder.
7x02 : La 6e extinction (2/2) - The Sixth Extinction II : Amor Fati
Scully continue à chercher un moyen pour sauver Mulder. Celui-ci disparaît mystérieusement de l'hôpital dans un mauvais état. L'implication de l'Homme à la Cigarette s'intensifie au sujet des souffrances de Mulder.
Mulder et Scully reçoivent l'aide de Franck Black, un ancien agent du FBI. Ils veulent arrêter un homme qui appartient au groupe Millennium, il a le pouvoir de "réveiller les morts". Il utilise cette tactique pour amorcer la fin du monde.
La fortune semble faire sourire à un homme un peu trop souvent. Mulder et Scully, en enquêtant sur cet homme, sont témoins de plusieurs événements qui confirment que les coïncidences et la chance ne s'assemblent pas.