Después de librar la batalla con los Guerreros Sagrados de Asgard, los Caballeros del Zodiaco deben ir al Santuario del Mar y rescatar a Atena de las manos de Poseidón, dios de los siete mares, quien la secuestró. 

Hilda y su hermana Fler guían a Seiya y a Shun a la entrada al reino marino de Poseidón. En uno de los mares congelados de Asgard, se crea un remolino, el cual es la única entrada al reino de Poseidón. Seiya y Shun se lanzan al remolino y cruzan el mar hasta llegar al fondo del mar. Ahí se dan cuenta que pueden respirar, ya que el mar ha quedado arriba de ellos como si fuera el cielo. De pronto, Seiya y Shun escuchan una bella melodía y la siguen.

En el Santuario del Mar, Atena despierta y se da cuenta que está acostada en una habitación. De pronto entra una persona que la saluda; Atena reconoce a esa persona como Julián Solo. Atena recuerda que la última vez que vio a Julián fue cuando Saori Kiddo (alias Atena) asistió a la fiesta de cumpleaños de Julián. Este le propuso matrimonio a Saori, pero ella con todo respeto se negó. Julián nunca entendió esto. 

Ahora, así como Saori Kiddo es la reencarnación de Atena, Julián Solo es la reencarnación del dios Poseidón. Atena le pregunta a Poseidón si fue él quien puso el Anillo de los Nibelungos a Hilda de Asgard, a lo que Poseidón no responde. Poseidón explica que el mundo se ha manchado y que ahora piensa limpiarlo inundando todo lo de la superficie, pero quiere salvar a Atena ya que aun desea casarse con ella. Atena una vez más lo rechaza y le dice que peleará por su mundo. En respuesta, Poseidón encierra a Atena en el Soporte Principal y comienza a inundarlo. 

Por otro lado, Seiya y Shun sienten el poder de Poseidón. Dragón Marino entiende lo que ha pasado y le dice a Tittis que les explique a los Caballeros de Atena qué deben hacer. Después de esto, Dragón marino se va. Seiya lo trata de seguir, pero Tittis lo detiene y les comienza a explicar:

Atena ha sido encerrada dentro del Soporte Principal, el cual sostiene el mar que esta por encima de ellos. El Soporte se está inundando con el agua que debería estar cayendo en la superficie, este el sacrificio que está haciendo Atena por su mundo. La única forma de salvarla, es destruyendo el Soporte Principal; el problema es que el Soporte Principal es indestructible. La única forma de destruir el Soporte Principal es destruyendo los Siete Pilares de los siete mares; estos Pilares están protegidos por los Siete Generales Marinos de Poseidón. Destruir los Pilares es casi imposible y destruir el Soporte Principal (aun con los Siete Pilares destruidos) es totalmente imposible, así que los Caballeros de Atena tienen que apurarse antes de que se le acabe el aire a Atena.

De pronto, Baian se da cuenta que la armadura de bronce de Seiya comienza a brillar como una armadura dorada. Seiya explica que los sagrados Caballeros Dorados de Aries, Tauro, Leo, Virgo y Escorpio dieron parte de su sangre para repara sus armaduras de bronce y que ahora son más poderosas. Con su Golpe de Meteoro, Seiya empieza a debilitar la barrera protectora de Baian hasta que logra golpearlo. Seiya le dice a Baian que su técnica de defensa es muy parecida a la que usaba Misty, el primer Caballero de Plata que enfrentó Seiya. 

Con Baian derrotado, Seiya ataca al Pilar, pero sus golpes más fuertes no logran ni siquiera mellarlo. Cuando Seiya decide arriesgarse y lanzarse contra el Pilar, aparece Kiki con la caja de la armadura dorada de Libra, la cual había enviado el maestro de los Cinco Picos para ayudar a los Caballeros de Atena. Usando uno de los escudos dorados, Seiya logra destruir el Pilar y sigue su camino; Kiki también avanza ya que es el encargado de llevarles a todos los Caballeros las armas doradas de Libra.

Eo no puede entender como Shun logra evitarlo, a lo que Shun le contesta que, como ya vio todas sus técnicas, ahora no podrá vencerlo con ellas. Eo se da cuenta de su error y trata de defenderse pero la armadura de bronce y las cadenas de Andrómeda comienzan a brillar como una armadura dorada. Eo es atrapado (ya que Shun no tiene intensiones de matarlo) cuando llega Kiki con las armas de Libra. Shun toma un par de chacos dorados y ataca al Pilar, pero Eo se interpone y muere. Dos de los Siete Pilares indestructibles han caído y ahora Hyoga de Cisne y Shiryu de Dragón se unen a la batalla.

Shiryu vuelve a atacar a Krystna y esta vez el escudo del Dragón detiene el ataque de la lanza de Krystna, ya que comienza a brillar como el oro. Shiryu sujeta la lanza dorada y trata de golpearla con el poder Excalibur, pero no la logra romper. Shiryu se da cuenta que confía demasiado en la armadura y por eso no puede despertar su Séptimo Sentido para poder usar el golpe Excalibur, así que se quita su armadura y evita todos los ataques de Krystna hasta llegar cerca de él. Shiryu sujeta la lanza dorada, levanta su mano y ejecuta el poder Excalibur, partiendo en dos la lanza dorada y la armadura de Krystna 

Sin su lanza, Krystna se sienta y ejecuta un nuevo poder para dejar a Shiryu sin sus cinco sentidos. Shiryu va perdiendo ventaja, ya que tiene que golpear siete puntos estratégicos para poder romper la posición de Krystna Ahora ciego, Shiryu se concentra y logra ver que los puntos están en línea, así que ejecuta la técnica Excalibur y logra vencer a Krystna de Krisaor Kiki llega con la armadura de Libra y Shiryu utiliza una espada dorada para destruir el Pilar.

Son tres Pilares, pero aun faltan cuatro más. Hyoga va caminando y cree que se ha perdido porque no encuentra el Pilar. Cuando por fin llega, ve a su maestro Camus de Acuario enfrente del Pilar. Camus se alegra de ver a Hyoga, pero Hyoga sabe que su maestro murió en la batalla de las Doce Casas del Zodiaco y lo ataca. Camus esquiva el ataque y hace la Ejecución de Aurora para demostrarle a Hyoga que es el verdadero. 

Hyoga cae ante el poder de Camus, pero se alegra al ver que su maestro está vivo. Cuando Hyoga tiene la guardia abajo, Camus lo golpea en el cuello y Hyoga se desmaya. Seiya sigue buscando otro Pilar y cuando llega a uno de los Pilares, ve a Marin, su entrenadora en Grecia y posiblemente su hermana perdida. Marin le explica que ha venido por él, ya que Poseidón es demasiado poderoso para que lo puedan vencer. Seiya desconfía de ella y Marin se quita la máscara para decirle la "verdad" a Seiya. 

Marin le dice a Seiya que se hizo pasar por su entrenadora, pero que en verdad ella es Seika, la hermana mayor de Seiya. Seiya se sorprende y cuando Seika lo abraza, Seiya reconoce a su hermana. Cuando Seiya tiene baja su guardia, Seika lo ataca y se transforma, pero Seiya ya no puede ver quien lo atacó. Shun llega a uno de los Pilares y ve a Seiya y  a Hyoga tirados frente al Pilar. Shun se acerca y su cadena de Andrómeda indica la presencia del enemigo... precisamente atrás de Shun.

Ahora en su forma original, Shun ataca a Leugnades y lo aprisiona con su cadena. Pero Leugnades se vuelve a transformar en Ikki y Shun no puede atacar a su propio hermano. Ikki/Leugnades se acerca a Shun y se prepara para matarlo, cuando aparece el verdadero Caballero del Fénix. Leugnades se transforma en Shun y ataca a Ikki, quien lo detiene atravesándole el corazón. Leugnades acusa a Ikki de no tener corazón al atacar a su "hermano menor". 

Ikki le contesta a Leugnades que como puede juzgarlo sin corazón, si él mismo usa los sentimientos de los demás como ventaja. Leugnades ve dentro de Ikki y ve que se ha equivocado, ya que la persona que más quiere Ikki es una muchacha llamada Esmeralda, la misma que murió durante su entrenamiento en la Isla de la Reina Muerte. Pero ahora Leugnades está demasiado dañado para poder usarla en su contra. Kiki llega y le da a Ikki una de las armas de Libra para destruir el Pilar. 

Kiki está feliz porque ahora con Ikki podrán destruir los Pilares mucho más rápido, pero Ikki le dice que no tiene tiempo para destruir los Pilares y que se dirige al Templo del Mar por la cabeza de Poseidón. Hyoga se levanta y se pone en marcha para destruir los Pilares y así ayudarle a Ikki. Shun también se levanta para ir hacia otro Pilar.

Isaac quería convertirse en el Caballero del Cisne para hacer justicia en el planeta y se enojó mucho cuando Hyoga le confesó que él quería ser un Caballero para poder romper el hielo que aprisionaba la tumba de su madre. Cuando pudo romper el hielo del lago donde estaba hundido el barco de su madre, Hyoga se lanzó al mar y fue llevado por una corriente de agua. Isaac sabía que esto podía pasar y se lanzó a ayudar a su amigo. Usando todo su poder, Isaac pudo sacar a Hyoga pero él fue llevado por la misma corriente de agua. 

Durante su recorrido, Isaac se lastimó su ojo y creyó ver a Kraken; al final despertó en el Santuario del Mar y se convirtió en un General Marino. En venganza, Isaac lastima el ojo de Hyoga y lo ataca con su poder Aurora Boreal. Hyoga soporta el ataque y lo contesta usando el poder Ejecución de Aurora de su maestro Camus de Acuario. Isaac cae derrotado, pero antes de morir le dice que el plan de dominar al mundo no es de Poseidón, sino de uno de los Generales Marinos. Hyoga no puede creer esto.

Ikki le pregunta quien es en verdad y el Dragón Marino se quita su casco, revelando su identidad. Ikki lo reconoce como Saga, el Caballero Dorado de Géminis que murió al finalizar la batalla de las Doce Casas del Zodiaco. Dragón Marino le dice que no lo confunda con su estúpido hermano. Kanon es el General del Dragón Marino y hermano de Saga. Kanon explica a Ikki que su hermano Saga tiene dos caras (la buena y la mala), pero él sólo tiene una cara (la mala). Kanon ataca a Ikki con la Explosión de Galaxias y luego utiliza su técnica Triángulo Dorado para mandar a Fénix a otra dimensión. 

Nota: Por estar protegidos por la misma constelación (Géminis, los gemelos), los poderes de Saga y su hermano Kanon son muy parecidos. Aunque no se ve en esta parte de la serie, Saga y Kanon pueden ejecutar la técnica Explosión de Galaxias y el poder Triángulo Dorado de Kanon es muy parecido a la técnica A Otra Dimensión de Saga.

Kanon se acerca a Sorrento, quien empieza a temblar, y le dice que no sea curioso. En ese momento, Sorrento y Kanon siente un cosmo muy poderoso que se acerca a los últimos dos Pilares que ellos defienden, así que cada uno va a su Pilar. Shun llega a uno de los dos Pilares y escucha la flauta de Sorrento de Sirene. Shun se extraña, ya que el Guerrero Sagrado Sigfried de Dube de Alfa de Asgard murió para matar al General Marino Sorrento de Sirene. Sorrento le explica a Shun que antes de que explotara Sigfried, Sorrento logró liberar su mano aprisionada y hechizo a Sigfried para que lo soltara y así salvarse. 

Shun intenta atacar a Sorrento con su cadena, pero la Melodía de la Muerte de Sorrento de Sirene es muy poderosa y logra evitar el ataque de las cadenas de Andrómeda. Con la Melodía de la Muerte, Sorrento destruye la armadura de Shun. Shun usa su Tormenta Nebular para inmovilizar a Sorrento, pero Shun no quiere matarlo. Sorrento no planea tener compasión por Shun y cuando lo va a matar, escucha a Atena que está cantando aunque esta encerrada en el Soporte Principal. Sorrento entiende el sacrificio de Atena y deja que Shun destruya el Pilar con las armas de Libra.

Por otro lado, Kanon está custodiando su pilar cuando aparece Ikki de Fénix. Kanon se sorprende que haya sobrevivido a su poder Triángulo Dorado, a lo que Ikki le explica que una vez venció el poder A Otra Dimensión de Saga de Géminis, cuyo poder es más grande. Usando el poder del Golpe Fantasma del Fénix, Ikki golpea a Kanon y lo hace ver su peor pesadilla. 

Kanon recuerda los días en los que entrenaba en el Santuario con su hermano Saga, hace más de 16 años. Un día, Kanon le comentó a Saga que debían matar a la reencarnación de Atena ahora que apenas había nacido y así dominar ellos el Santuario. Saga no estaba de acuerdo y lo encerró en Sunion Cape, una prisión a nivel del mar que se inundaría cuando subiera la marea. Kanon estuvo a punto de morir, pero un cosmo lo protegía para que siguiera vivo. 

Un día, Kanon golpeó una pared de su prisión y encontró el un tridente con el sello de Atena. Al quitárselo, Kanon fue llevado al Santuario del Mar, a un cuarto donde estaban todas las armaduras de los Generales Marinos y ahí encontró un jarrón con el mismo sello de Atena. Kanon rompió el sello y el espíritu encerrado en el jarrón salió y se puso dentro de la armadura de Poseidón. El espíritu era del dios Poseidón y fue encerrado en el jarrón de Atena hace miles de años. Poseidón le preguntó a Kanon quién era y Kanon, viendo las armaduras a su alrededor, le dijo que era el Dragón Marino. 

Poseidón estaba muy débil, por lo que se metió en el cuerpo de Julián Solo, quien en ese entonces era un niño, para dormir y le pidió a Dragón Marino que lo despertara cuando Julián tuviera 16 años. Kanon nunca despertó a Poseidón ya que así dominaría tanto el Santuario del Mar como el Santuario de Atena.

Seiya y sus amigos llegan frente a Poseidón, pero cuando lo intentan atacar son fácilmente vencidos por el poder de Poseidón. Cuando Poseidón está por acabarlos, la armadura dorada de Sagitario aparece y se la pone Seiya. Con su poder aumentado, Seiya utiliza su Golpe de Meteoro contra Poseidón, pero todos sus golpes se regresan contra de él. Seiya saca la flecha dorada de Sagitario y la apunta contra Poseidón, pero al dispararla Poseidón la regresa y se clava en el corazón de Seiya. 

Poseidón piensa que ha ganado, pero la armadura dorada protegió a Seiya y se vuelve a poner de pie. Seiya vuelve a apuntar la flecha dorada y dispara. La flecha vuelve a regresar, pero Shaina se interpone entre Seiya y la flecha. Shaina le pide a Seiya que vuelva a intentarlo, ya que ella será su escudo. Seiya vuelve a lanzar la flecha y ésta vuelve a regresar pero ahora es Shiryu quien se interpone. Shiryu y Hyoga han llegado y le dicen a Seiya que ellos serán su escudo.

En el último Pilar, Ikki y Kanon siguen peleando hasta que aparece Sorrento de Sirene y ataca a Kanon con la Melodía de la Muerte para que Ikki pueda destruir el último Pilar. Sorrento está dispuesto a acabar con Kanon por haber traicionado a todos los Generales Marinos, pero Ikki lo detiene ya que todavía tiene una pregunta que hacerle a Kanon. El Fénix necesita saber la única forma de vencer al dios Poseidón y sólo Kanon la sabe. 

En el palacio de Poseidón, Seiya usa toda la cosmo energía que le queda y la de sus amigos para volver a disparar la flecha dorada. Esta vez, aunque Poseidón la intenta controlar, la flecha golpea la corona de Poseidón y Julián Solo cae. Ya con todos los Pilares destruidos, Seiya y sus amigos se dirigen corriendo al Soporte Principal para destruirlo y salvar a Atena. En el camino, una ráfaga de energía los ataca por la espalda y sólo Seiya la resiste por la armadura dorada. Al voltear, Seiya ve a Poseidón, pero su energía ha crecido más de 40 veces. El verdadero dios Poseidón se ha despertado. 

Kanon siente la enorme energía que sale del palacio y se da cuenta que al fin, Poseidón se ha despertado. Sin poder llevar acabo sus planes, Kanon golpea con fiereza a Ikki, pero Sorrento lo detiene. Una vez más, Ikki le pregunta a Kanon el lugar donde se encuentra el jarrón de Atena para poder encerrar de nuevo a Poseidón. Kanon le dice a Ikki que el jarrón se encuentra en el lugar más seguro de todo el Santuario del Mar. El jarrón de Atena se encuentra con Atena dentro del Soporte Principal.

En el palacio, Seiya ya no tiene oportunidad de ganarle al verdadero Poseidón. Poseidón levanta su tridente y se prepara para matar a Seiya cuando aparecen las armaduras doradas de Libra y Acuario para que Shiryu y Hyoga las usen. Shiryu y Hyoga utilizan sus poderes contra Poseidón, pero no logran nada. De pronto, Ikki llega y sujeta de la espalda a Poseidón para que Seiya, Shiryu y Hyoga fueran a salvar a Atena. Poseidón golpea al Fénix, pero también Shun de Andrómeda ataca a Poseidón. 

Frente al Soporte Principal, Seiya, Hyoga y Shiryu utilizan las armas de Libra, pero no pueden romper el Soporte Principal. Seiya decide usar su cuerpo impulsado por los poderes de Shiryu y Hyoga para romper el Soporte Principal. Shiryu ejecuta el Dragón Naciente y Hyoga usa el Trueno de la Aurora para lanzar a Seiya contra el Soporte Principal. Poseidón utiliza su poder para detenerlo, pero no lo logra y Seiya entra al Soporte Principal y lo destruye. 

Tanto los Siete Pilares como el Soporte Principal sostenían a los siete mares y ahora que han sido destruidos, el mar que estaba en lo alto del Santuario del Mar comienza a colapsarse y destruir todo el templo de Poseidón. Kanon ve con tristeza como sus sueños de dominación se van desmoronando junto con el Santuario del Mar. En la superficie no ha parado de llover y las inundaciones han arrasado con varios poblados. 

Seiya sale con Atena del Soporte Principal, pero ha quedado muy débil para defenderse y Poseidón se prepara para atacarlo, cuando Atena se para frente a él y lo trata de obligar a volver al jarrón, pero Poseidón se niega y la ataca. Al principio los ataques de Poseidón lastimaban a Atena, pero con el poder de toda la energía de sus Caballeros, Atena logra encerrar de nuevo a Poseidón en el jarrón de Atena. 

Con una enorme ola, Atena y todos sus Caballeros salen a la superficie. La lluvia por fin ha parado y el sol vuelve a salir. Atena sabe que tal vez no sea la última batalla que tenga que pelear, y que tendrán enemigos más fuertes en el futuro, pero siempre existirá la esperanza de ganar... mientras existan los Caballeros del Zodiaco.