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| Blue Submarine No. 6 | Principal |
| Mayumi Kino | Tetsu Hayami | Muteo | Capitán Belg | Ejército del Mar | La Flota Blue | Mecha |
| Ejército del Mar |
El malo de la historia, hace mucho tiempo, él era un miembro de la Flota Blue, y fue el mejor amigo del anciano Marunami. Al ver que los humanos estaban destruyendo la Tierra con la contaminación y las guerras, lo que causa que el se volviese malvado es cuando su corazón deje de latir.
Aunque suena increíble, a pesar de sufrir un Paro Cardiaco, Zorndyke aún sigue con vida. Como su cuerpo ya no necesitaba su corazón, él decide transferirlo a una máquina especial para alterar los campos magnéticos de la Tierra. Con cada latido, el magnetismo de la Tierra se afecta más y más haciendo que el clima de la Tierra sea afectado, inundando muchas ciudades y matando a muchas personas inocentes. Su base está en la Antártida, el cual ya no es la famosa tierra congelada de antes, sino ahora es una selva.
Con sus conocimientos en la Bioingeniería, logra afectar a humanos normales y convertirlos en monstruos que pueden vivir debajo del agua y sin recuerdos de su vida anterior.
Musca
Criaturas similares a las ballenas, son genéticamente manipulados para tener una gran inteligencia y pueden bombardear bombas. Son considerados mechas biológicos y son muy difíciles de matar. Una Musca buena en el capítulo 3 ayuda a Tetsu a encontrarse con sus amigos, pero pierde la vida en el intento ya que los de la Flota Blue lo considerarron un enemigo y lo mataron con temor a que la Musca los iba a lastimar.
Amonyushu
La hermana menor de Belg, ella es una joven curiosa y inocente. Desconoce qué es el mal y el bien, depende mucho de que Zorndyke la enseñe. No le gusta la guerra que su hermano está peleando, y por eso se ha quedado en la Base a lado de Zorndyke.
Cuando llega Tetsu y Mayumi a la costa de Antártida, ellos se encuentran con ella, quien advierte a sus superiores y conduce a los extraños a la presencia de Zorndyke.
