Blue Submarine No. 6  |     Principal
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Historia
Blue Submarine comprende 4 capítulos, los primeros 3 duran 30 minutos y el último dura 45 minutos. Ésta sección es una breve resúmen de los 4 capítulos.

OAV 1 - Blues

Dos personas uniformadas entran a un edificio baldío. Uno de ellos tiene piel obscura, es hombre y es notablemente alto. La otra persona es una joven mujer peliroja. El hombre se llama Shidora y la joven se llama Mayumi. Ámbos fueron encomendados a una misión: convencer a Tetsu Hayami de regresar a la Flota Blue.
Ellos por fin lo encuentran en un apartamento destruido fumando. Mayumi intenta razonar con Tetsu, pero él no tiene deseos de regresar. De repente, son atacados por mechas con forma de hormiga, los cuales forman parte del ejército de Zorndyke, la persona que provocó inundaciones que ha matado a miles de millones de personas. Los dos entran al barco de Tetsu, y logran derribar una nave. Tetsu ve cómo sale de la nave una joven mujer-gata. Mayumi insiste en que la maten, pero Tetsu decide dejarla ir. A causa de ésta situación deciden irse juntos al Submarino Blue No. 6. En ése instante son atacados por una musca (una especie de ballena de genes alterados con poderes devastadores), pero logran derribarlo. Al final y al cabo, Tetsu ha regresado a la Flota Blue, sin saber lo que va a pasar depsués.

OAV 2 - Pilots

La amenaza de Zorndyke está presnte entre todos los miembros de la Flota Blue quienes deciden organizar una conferencia para desarrollar nuevas tácticas de batalla. De repente en la pantalla de un televisor, aparece la imagen de Zorndyke quién habla particularmente con el jefe de la Flota Blue: su viejo amigo Marunami. Marunami le dice que lo que hace está mal, pero Zorndyke sólo dice como odia a los humanos. Tetsu decide salir del salón donde se está llevando a cabo la conferencia y decide fumar un rato. Se topa con Yuri, el segundo en comando del Blue No. 6 y empeizan a discutir. Yuri le dice que lo que todavía existe de su amigo Katsuma está en la válvula que sus hombres están empujando.
De repente son atacados por la Nave Fantsama, el cual está siendo encomandado por el malvado Belg. Tetsu decide salir por su cuenta en una Grampus para atacar, pero no sirve de mucho ya que el domo en donde están localizados todos está por inundarse. Marunami decide sacrificar su vida por tratar de salvar a cuántas personas sea posible. Tetsu no corre buena suerte al ser derribado su grampus y tiene que escapar con una salvavidas. Los miembros de la Nave Fantasma se ríen como Tetsu se enfrenta a una tormenta en el mar que de seguro lo va a matar...

OAV 3 - Hearts

La Muteo que Tetsu decide no matar decide por su propia voluntad salvarle la vida, en ésos momentos de confusión en la tormenta Tetsu recuerda cuando su amigo Katsuma lo invita a investigar si en realidad hay palmeras en la Antártida, pero su grampus es derribado por el ejército de Zorndyke donde Tetsu apenas logra escapar dejando atrás a Katsuma al merced de su enemigo. De repente él despierta sobre los restos de un submarino destruido, la única persona cerca de él es Muteo quien amablemente le regala pescados para comer. De repente son rodeados de otras Muteos y otras criaturas de Zorndyke, pero son asustados por una enorme Musca y espacan. Ésta Musca es de buena voluntad, y le pide a Tetsu y a Muteo que se suban en él.
La Musca los lleva cerca del Submarino No. 6 quienes deciden matarlo por ser una posible amenaza. Mayumi se sube en un grampus y al ver a Tetsu sobre la Musca, logra rescatarlo y llevarlo de regreso al submarino. Tetsu le informa al Capitán Iga el lugar donde está escondido Zorndyke y les dice que deberían de ir a buscarlo.

OAV 4 - Minasoko - El Fondo del Océano

Aunque Iga comprende que Tetsu dice la verdad, debe de pensar primero en la seguridad de su nave y le dice que no irá allá. Tetsu enojado, decide liberar a Katsuma y ir por su cuenta en un grampus. Mayumi decide irse con él. Con la ayuda de Katsuma, logran llegar al escondite de Zorndyke. Mientras tanto, el Submarino Blue No. 6 descubre que la Nave Fantasma los está atacando y alerta a todos los submarinos a atacarlo juntos. Mayumi y Tetsu logran conocer a Zorndyke en persona, quien les enseña la máquina que está provocando las inundaciones y muestra que su propio corazón es el motor de su máquina. Técnicamente Zorndyke debería estar muerto, pero sigue con vida. Mayumi muestra su repudio hacia Zorndyke al apuntarle con una arma, pero Tetsu trata de razonar con ella para no hacerlo.
Zorndyke les dice que la máquina se va a detener cuando la guerra entre los humanos y sus criaturas se termine. En ése momento, Zorndyke muere. Tetsu y Mayumi se van a la costa para esperar a los suyos cuando sale de ahí el Capitán Belg quién está malherido por los ataques de la Flota Blue. Al ver que Zorndyke está muerto decide desquitarse con Tetsu, pero al ver que Mayumi está llorando; él entiende que los humanos también sufren y decide dejarlos en paz, pero sigue odiándolos. El y las otras criaturas deciden irse al fondo del mar. Mayumi y Tetsu se sienten juntos sobre la playa hasta que el Submarino Blue No. 6 por fin llega por ellos.