La Flota Blue es una organización de muchos Submarinos que viajan por los mares para luchar contra las criaturas de Zorndyke. Aunque cuentan con muchos Submarinos, la #6 es la más poderosa de todas, el cual se caracteriza por tener un color azul.
Marunami
Un veterano de la Flota, hace mucho tiempo fue el mejor amigo de Zorndyke, pero después de que Zorndyke se volviése malvado, ahora son enemigos. Cuando en una junta su base es atacada por la Nave Fantasma, él se sacrifica su vida para salvar a los soldados y los Submarinos.
General Gilford (?)
La segunda en control de la Flota Blue después de Marunami, es una mujer negra que es Captiana de su propio Submarino. Cuando la Base es atacada en el Capitulo 2, su submarino intenta atacar al ejército de Zorndyle, pero por desgracia su Submarino es destruido a manos de Belg.
Capitán Iga Tokugira II
Capitán del Submarino No. 6, su papá tenía ese mismo nombre. De aspecto Japonés, está consiente del peligro y a causa de sus inteligentes decisiones, su Submarino aún no ha sido destruido. A diferencia de la mayoría de las personas, él confía mucho en Tetsu y respeta mucho sus acciones. Cuando llega el momento de la batalla, él siempre le da la vuelta a su gorra para verse "cool".
Yuri Maiakofski
Segundo al mando del Submarino Blue, es de origen Siberiano. Tan rubio que parece albino y tan flaco que parece anoréxico, es muy serio y recto. Odia a Tetsu y viceversa, cree que él es un cobarde por abandonar a la Flota a causa del incidente con su amigo Katsuma y odia que él no le da el respeto merecido a Iga por ser su superior.
En el Capitulo 2 después de una conferencia, Tetsu se topa con Yuri quien está con varios oficiales que están empujando una válvula de metal y como siempre, se empiezan a discutir. Yuri hiere su cordura al decirle que la persona dentro de la válvula es su amigo Katsuma, o lo que queda de él.
Yuri respeta las decisiones de Iga, pero cree que Iga es demasiado suave con las locas acciones de Tetsu.
Katsuma Nakano
El viejo amigo de Tetsu, está mitad ciego por una enorme cicatriz que cruza su ojo izquierdo. Tetsu siempre fue muy sincero con él y de cierta forma fue su conspirador. Un día Katsuma consigue una fotografía de una palmera en la Antártida y fácilmente convence a Tetsu a investigarlo por sí solos.
Por desgracia, fueron sorprendidos por la Nave Fantasma, quienes fácilmente derribaron su nave donde Katsuma se queda atascado debajo de la nave en el fondo del mar. Tetsu intento sacarlo, pero la Nave Fantasma se estaba acercando, Katsuma le obliga a escapar y dejarle a el al merced del enemigo, quienes decidieron convertirlo en uno de ellos.
Fue rescatado por la Flota antes de convertirse completamente en un monstruo y estaba atrapado dentro de una válvula de metal. En el capítulo 4, Tetsu lo libera de la jaula antes de salir con Mayumi a investigar la base de Zorndyke. Aunque físicamente está completamente alterado, sigue siendo bueno y todavía tiene los recuerdos de su pasado como humano.
"Alessandro"
Nunca quiso decir su verdadero nombre, pero todo apunta a que éste Oficial del Submarino 6 se cree todo un galán y que quiere ligar. Su trabajo en el Blue Submarine No. 6 es ser el Helmsman.
Shidora Deadson
El jefe de todos los marineros dentro del Submarino No. 6, éste gigante de 6 pies de altura viene con Mayumi en el primer capítulo para buscar a Tetsu. No aparece mucho en la serie, pero siempre le da buenos consejos a Mayumi.
Logan
Un miembro muy esencial dentro del Submarino 6, Logan conduce el sistema "Loranzini". Siempre está dentro de un cuarto lleno de espejos y utiliza sus poderes psíquicos para decirle a Iga si hay enemigos cerca o objetos que tienen que esquivar.
Ella supo que la Musca que salvó a Tetsu era buena, pero Iga no le hizo caso y ordenó a que la mataran. Katsuma se acercó al Submarino y ella inmediatamente supo las intenciones de Tetsu. Ella siempre trata de convencerle a Iga a no matar solamente porque son del ejército de Zorndyke, ya que hay criaturas que no son enemigos.
Nakamura
Con aspecto del conserje de una escuela, Nakamura se encarga de dirigir a los navegantes. Su personalidad es algo serio, como si los años de guerra lo hayan hecho un hombre algo frio.
Yamada
Con el cabello al estilo afro, Yamada se encarga del sonar del Blue Submarine No. 6. Su trabajo consiste en usar unos audífonos para detecar si hay enemigos acercándose. Como Logan también se encarga de detectar enemigos, a veces se pueden ver a los dos trabajando juntos.
"JJ" (Jan Jack Barnell)
En inglés, su nombre se pronuncia "JayJay". Se encarga del Balance Control en el Submarino No. 6.
Freeda Verasco
Freeda, al igual que "Alessandro", es la Planesman del Submarino No. 6. Se encarga de conducir el Submarino. A causa de estar sentada junto a Alessandro, él siempre quiere ligar con ella. Al principio no lo pela mucho, pero después en la historia se muestra más abierta hacia él.
Cornwell
Su trabajo es ser el "Head Engineer Center Seat". Como lo indica en inglés, es un ingeniero en el Blue Submarine No. 6. Su nombre del inglés significa "buen maíz" O_o'. No aparece mucho en la serie, pero por lo general lo vemos fumando. Eso explica el porqué está todo arrugado.
Shiro Gusku
Ella se encarga del "Fire Arm Control", o sea, se encarga de lanzar los torpedos y misiles del Submarino. Es extraño ver a una chica linda hacer todo el trabajo rudo en un anime.
Okawa
Al igual que Shiro, está a cargo del "Fire Arm Control". También se le ve hacer reportes de daños en el submarino.
Yun
Siempre portando lentes de color morado, su trabajo radica en las comunicaciones. Cuando sea necesario, ella se comunicará con otros Capitanes de otros submarinos de la Flota Blue. No la vemos mucho en la serie, pero por su mirada fría hacia Tetsu, sugiere que no lo agrada mucho que digamos.
