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A la muerte de este el 30 de Mayo de 1778, el parque se transforma en un lugar recreativo y jardín botánico, que ya en ese entonces contaba con cientos de variedades de arboles frutales y plantas de ornato. Las obras del jardín Borda incluyendo el lago interior se terminaron en 1783. En 1784 de construyo la vecina iglesia de Guadalupe.
El lugar se hizo famoso, además de por sus jardines, por los libros y los artículos que los visitantes que se alojaron en él escribieron acerca del mismo.
La residencia nunca predio su atractivo y en 1865, después de un viaje a Yucatán, los emperadores Maximiliano y Carlota Amalia seleccionaron este lugar como su residencia de verano. con la estancia de la pareja, el jardín volvió a tomar su categoría de elegancia sencilla, dejo de ser hotel y se convirtió en un Palacio Real. Los emperadores rodeados por su corte, ofrecían espectaculares reuniones de gala en los jardines y excelentes conciertos en el escenario del estanque.
Entre los visitantes importantes que visitaron el Jardín Borda, se encuentran Francisco I Madero, Emiliano Zapata, Don Sebastián Lerdo de Tejada, Francisco Leyva, Porfirio Díaz y Diego Rivera.
Actualmente, el Jardín Borda es parte del instituto de cultura de Morelos, que realiza eventos de tipo cultural: exposiciones de pintura, escultura, artes plásticas y fotografía, así como espectáculos de danza, teatro y una gran cantidad de conciertos.
En 1991, se remodelo la llamada "sección Juárez", en la cual se logra recrear el ambiente antiguo del edificio. en esta sección se encuentra un Museo de Sitio, que cuenta con muebles y vestidos del siglo XVIII, y con copias de documentos del Imperio. Este Museo ocupa 7 de las 13 salas, las 6 salas restantes se utilizan para exposiciones temporales.
